С 1974 года в Северном ПКБ начались предварительные проработки корабля ПВО-ПЛО с атомной энергетической установкой, а в 1976 г. это конструкторское бюро получило официальное тактико-техническое задание на разработку проекта 1199. По ТТЗ этот корабль океанской зоны должен был иметь ЯЭУ и «обеспечивать боевое охранение атомных авианесущих и ракетных крейсеров», стандартное водоизмещение не должно было превышать 12.000 тонн. В ТТЗ не случайно упоминались атомные РКР, так как в это же время Северному ПКБ было выдано задание на разработку проекта 1293, представлявшего собой атомный ударный корабль водоизмещением 14.000 тонн, вооруженный противокорабельными ракетами «Гранит». Появился и конкретный объект для охранения – это первый советский атомный авианесущий крейсер пр.11437 (а фактически – авианосец, впоследствии получивший название «Ульяновск»), который должен был стать ядром будущей атомной авианосной группы. Спустя некоторое время было решено проектировать оба атомных корабля сопровождения пр.1199 и пр.1293 в одном корпусе.

Главным конструктором проекта 1199 был назначен И.И. Рубис. В эскизном проекте было выполнено несколько вариантов корабля, отличавшихся составом вооружения, объемом защиты и типом ГЭУ – так как помимо чисто атомной установки прорабатывались и более легкие по массе варианты с комбинированной атомно-газотурбинной установкой и с чисто газотурбинной.

Первый вариант с ЯЭУ получился не совсем удачный по компоновке и представлял собой атомный корабль ПВО, вооруженный тремя комплексами «Ураган» с однобалочными ПУ, пятью боевыми модулями «Кортик» (при одном командном модуле), 130-мм универсальной спаренной артустановкой и восемью ПКР «Москит». Противолодочные функции выполнял вертолет постоянного базирования Ка-27. Для защиты от торпед предусматривались два реактивных бомбомета РБУ-6000. Корабль должен был оснащаться самыми современными средствами радиоэлектронного вооружения, в т.ч. РЛС большой дальности с ФАР, мощным ГАК и комплексом РЭБ. Предусматривалось также лазерное дальномерно-визирное устройство для управления стрельбой АУ (но его так и не разработали).

На конечном этапе разработки (середина 1980-х гг.) проекту присвоили номер 11990 (шифр «Анчар»), остановившись на комбинированном варианте ГЭУ – с резервно-форсажной газотурбинной частью. К тому времени разработка атомного РКР пр.1293 уже был признана нецелесообразной (хотя на него истратили массу времени и средств), что лишило саму идею «унификации по корпусам и ГЭУ» смысла. В результате основные размерения проекта 11990 уменьшились до 188х19 м, а водоизмещение сократилось до 10.500 т. Корабль оснастили самыми разнообразными средствами ПВО: 4 ЗРК «Ураган», 6 ПУ ЗРК «Кинжал», 4 БМ «Кортик». Причем сначала предполагалось, что комплексы «Кинжал» и «Ураган» будут иметь единую систему управления «Орех», так как их разрабатывало одно КБ. Но в конечном счете от этого отказались, разобравшись в специфических особенностях этих ЗРК. Противолодочное вооружение также значительно усилилось: теперь помимо двух вертолетов постоянного базирования и РБУ, корабль оснащался двумя пусковыми установками ПЛРК «Водопад» большой дальности. В кормовой части корабля, в районе ПУ ЗРК «Кинжал», побортно были зарезервированы места для разрабатываемого нового комплекса противокорабельных крылатых ракет с вертикальным стартом (впоследствии «Оникс»). Хотя в течение всей разработки проекта долго шел спор об их необходимости на этом корабле. Предусмотренную проектом РБУ-6000 в будущем планировалось заменить на комплекс «Удав».

Существовал и чисто газотурбинный вариант пр.11990, имевший усиленные средства ПВО (ЗРК «Фал») за счет снижения массы ГЭУ, и оснащенный ПЛРК «Водопад» и ПКРК «Москит». От ЗРАК «Кортик» отказались в пользу ЗАК АК-630 и ЗРК «Кинжал», как более эффективных в плане ближней ПВО-ПРО (аналогичное решение было применено и на пр.1293). Но, как уже говорилось, в окончательном варианте был принят вариант корабля с комбинированной ГЭУ, что в общем-то, было не совсем разумно – по-сути большую часть времени корабль должен был возить на себе редко используемые турбины и горючее для них «просто так». К тому же, получив на вооружение одновременно большое количество противокорабельного, зенитного и противолодочного ракетного оружия проект постепенно эволюционировал в сторону многоцелевого корабля, и фактически стал постепенно превращаться в «горячо любимый» ракетный крейсер, по концепции и размерам приближающийся к проектам 1144, 1165 и 1293. Путь к полноценному многоцелевому кораблю ВМФ СССР был извилист и тернист, что в конечном итоге и погубило сам проект.

К концу 1980-х гг. было принято решение о строительстве головного корабля пр.11990 на ССЗ в г.Николаеве и даже были изготовлены комплектующие для него, в том числе и резервная газотурбинная установка. Однако реализация проекта задерживалась ввиду сосредоточения усилий судостроителей на атомном авианесущем крейсере пр.11437. Но с развалом СССР все работы над пр.11990 были вообще прекращены, а его двигательную установку по неподтвержденным данным даже собирались поставить на РКР «Варяг» пр.1164. Правда впоследствии с завода она бесследно пропала, а первый отечественный атомный авианосец «Ульяновск» пр.11437 так и не был достроен, и его разобрали на стапеле.